Medan John stöttade Sydstaterna var Edwin en inbiten motståndare till slaveriet och anhängare av Nordstaterna. Och medan John tog Abraham Lincolns liv, räddade Edwin presidentens yngste son från en säker död.
En dag 1864 befann Edwin Booth sig på järnvägsstationen i Jersey City i nordstaten New Jersey. Inbördeskriget rasade, och soldater och deras anhöriga trängdes i folkvimlet på perrongen. Presidentens äldste son, Robert Todd Lincoln, förklarade senare i ett brev vad som hände:
”Jag stod och väntade på att det skulle bli min tur (att köpa en liggplats i tågets sovvagn, red.). Det var – naturligtvis – en smal glipa mellan perrongen och tågvagnen, och medan folkmassan pressade mig mot tåget började det rulla. Med fötterna först föll jag ner i glipan, men någon grep mig i rockkragen och drog upp mig på perrongen igen. När jag skulle tacka upptäckte jag att det var Edwin Booth, vars ansikte jag naturligtvis kände igen. Jag uttryckte min stora tacksamhet.”
Det dröjde länge innan Edwin Booth fick reda på vem han räddat. Det fick han veta först några månader efter att hans yngre bror hade skjutit president Lincoln. Det sägs att Edwin Booth fann en smula tröst i att veta vems liv han räddat.