Forskarna upptäckte det dolda DNA:t när det visade sig att afrikaner söder om Sahara delade genetiskt material med neandertalare.
Upptäckten förbryllade forskarna, eftersom neandertalarna härstammar från Europa och förmodligen aldrig levde i Afrika.
Neandertalarna bar på mänskligt DNA
För att lösa mysteriet analyserade forskarna DNA från 180 människor från 12 olika populationer i Afrika söder om Sahara.
De analyserade också DNA från en neandertalare som levde för 120 000 år sedan – många tusen år före det första kända mötet mellan människor.
Studien visade att neandertalaren bar på genetiskt material som matchade DNA hos de afrikanska populationer som studerats.
Forskarna drar därför slutsatsen att en grupp människor från den studerade subsahariska regionen mycket tidigt migrerade till Eurasien. Gruppen måste ha varit av en viss storlek eftersom dess avtryck kan ses i neandertalgener, men eftersom inga mänskliga skelett har hittats i Europa som har daterats till att vara så gamla, uppskattar arkeologer att de dog ut snabbt.
De gener som de förde vidare till neandertalarna kan dock fortfarande hittas i dagens afrikaner söder om Sahara, enligt studien.
"Gruppen lämnade Afrika för mellan 250 000 och 270 000 år sedan. De var ett slags kusiner till alla nu levande människor och de var mycket mer lika oss än neandertalarna", förklarar en av studiens författare, Alexander Platt, i ett pressmeddelande.
Den invandrade människolinjen dog ut, men parningen innebar att cirka 6 procent av neandertalarnas gener ärvdes från människor som invandrade till Eurasien för cirka 75 000 år sedan, visar studien.